Affinity Science Blog/.org

   YASARA Tipsのネタがなくなったわけでは全くないのですが，今回は，オープンソースで無償利用可能なDataWarriorのTipsを一つ．

「R因子（R-Value)」とは、 そのタンパク質立体構造が実測構造とどれほど合致するか？ を判断する指標です。

 AmberToolのantechamberを用いるとGaussianの出力ファイルから、RESP電荷情報をもつmol2ファイルを生成することができます。しかし、力場パラメータのない金属等を含む場合、うまく変換できないと思います（新バージョン等で状況変わっていたらすみません）。 ...

 YASARAには多くの機能が実装されています．ですが，目的の機能を利用するのに，何から手をつければよいか判らないことも多いです．

「3D構造ビュアー(3D Structure Viewers)」では、対象のタンパク質立体構造がグラフィックに表示されます。

久しぶりの投稿です。。 今回は、YASARA Structureのループモデリングについて書いてみます。 まず、YASARAコンソールから次のコマンドを実行してみてください。 Clear LoadPDB 1ke7 DelWaterAll BuildLoop C Res 35 or...

YASARAでは、ShowHBo/ShowIntコマンドやListHBo/ListIntコマンドで水素結合や疎水性・Pi相互作用を可視化/リスト表示することができますが、メニューから View > Style scene > Ribbon & ligand を...