DataWarrior : ヒストグラムを描画する

 YASARA Tipsのネタがなくなったわけでは全くないのですが，今回は，オープンソースで無償利用可能なDataWarriorのTipsを一つ．

DataWarriorは，数万化合物を収録したSDFファイルを軽快に可視化，解析できるので便利なツールです．LigandScoutも最近のマイナーリリースで，DataWarrior のファイル形式，「.dwar」をサポートしました．

DataWarrior
An Open-Source Program for Data Visualization and Analysis with Chemical Intelligence
http://www.openmolecules.org/datawarrior/

物性値や記述子等を用いた2D，3Dプロットは，直観的にすぐわかるのですが，1Dデータを用いる度数分布図は，少しだけ追加の手続きが必要です．
 

1. 最初に，数値データフィールドを持つSDF等を読み込みます．
2. Dataメニューから Add Bins From Numbers...をクリックし，ダイアログを表示します
3. ダイアログのリストから，ヒストグラムのbins作成に用いる数値データを選択します
4. 同ダイアログで，Bin sizeとFirst Bin Fromを入力し，OKボタンをクリックします

以上の操作でTableに”Binned （数値ラベル）”列が追加されます．

ヒストグラムを描画するには，続けて，

1. 2D Viewのxデータに”Binned～”を，yデータに”<unassined>”を指定
2. 2D Viewのプロットエリアで右クリック，コンテクストメニューからSet Preferred Chart Type...を選択
3. 表示されるダイアログでPreffered Chart TypeにBar Chartを選択し，OKボタンをクリック
   

とします．度数を横軸方向とする場合は，xとyデータを逆にします．


次の動画は，50,000化合物のSDFファイルを対象としたヒストグラム描画の実施例です．
 

以上，自分自身の備忘録をかねて，DataWarriorのTipsでした．

Reference:
http://www.openmolecules.org/help/analysis.html