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「R因子（R-Value)」とは、 そのタンパク質立体構造が実測構造とどれほど合致するか？ を判断する指標です。

 AmberToolのantechamberを用いるとGaussianの出力ファイルから、RESP電荷情報をもつmol2ファイルを生成することができます。しかし、力場パラメータのない金属等を含む場合、うまく変換できないと思います（新バージョン等で状況変わっていたらすみません）。 ...

   YASARA Tipsのネタがなくなったわけでは全くないのですが，今回は，オープンソースで無償利用可能なDataWarriorのTipsを一つ．

  ChromasPro は、アセンブリや配列編集・解析が可能なソフトです。 今回は、 ChromasPro を使ってプラスミドベクター pBR322 の制限酵素切断地図を作成してみます。 制限酵素切断地図の作成 線形のマップも作成できますが、今回は円形のマップを作成したいの...

「3D構造ビュアー(3D Structure Viewers)」では、対象のタンパク質立体構造がグラフィックに表示されます。

タンパク質の重ね合わせの方法はいくつかありますが、今回は「 Superpose 」と「 Align 」の実行例を紹介します。 この記事では、アデノシンデアミナーゼという酵素タンパク質を例に、ヒト（ PDB:3iar ）とマウス（ PDB:1fkw ）のタンパク質の構造を比較し...

本記事では、RCSB PDBで採用されている3種の立体構造可視化ツールを比べてみます。