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   YASARA Tipsのネタがなくなったわけでは全くないのですが，今回は，オープンソースで無償利用可能なDataWarriorのTipsを一つ．

 AmberToolのantechamberを用いるとGaussianの出力ファイルから、RESP電荷情報をもつmol2ファイルを生成することができます。しかし、力場パラメータのない金属等を含む場合、うまく変換できないと思います（新バージョン等で状況変わっていたらすみません）。 ...

「R因子（R-Value)」とは、 そのタンパク質立体構造が実測構造とどれほど合致するか？ を判断する指標です。

「3D構造ビュアー(3D Structure Viewers)」では、対象のタンパク質立体構造がグラフィックに表示されます。

本記事では、RCSB PDBで採用されている3種の立体構造可視化ツールを比べてみます。

久しぶりの投稿です。。 今回は、YASARA Structureのループモデリングについて書いてみます。 まず、YASARAコンソールから次のコマンドを実行してみてください。 Clear LoadPDB 1ke7 DelWaterAll BuildLoop C Res 35 or...

タンパク質の重ね合わせの方法はいくつかありますが、今回は「 Superpose 」と「 Align 」の実行例を紹介します。 この記事では、アデノシンデアミナーゼという酵素タンパク質を例に、ヒト（ PDB:3iar ）とマウス（ PDB:1fkw ）のタンパク質の構造を比較し...