YASARA:リガンドと周辺構造の相互作用を表示

2021年2月4日木曜日

【YASARA】

t f B! P L

YASARAでは、ShowHBo/ShowIntコマンドやListHBo/ListIntコマンドで水素結合や疎水性・Pi相互作用を可視化/リスト表示することができますが、メニューから


View > Style scene > Ribbon & ligand


を選択することで、手早く可視化することができます。


このメニューを選択(クリック)すると、背後で、style.mcrプラグインが背後で実行されます。


(YASARAトップディレクトリ)/plg/style.mcr


このファイルのバックアップコピーを取っておき、次のように修正してみます。

(i.e. 102行目のShowAtomコマンドの次行にLabelResコマンドを追加)



この変更で、相互作用をもつ周辺残基を可視化するだけでなく、残基名、残基番号のラベルを付与することができます。




YASARAはPythonと同じようにインデントでブロックを定義しますが、Tabは使用できず、2つのSpaceで揃える必要があるので注意してください。


以上、ちょっとしたTipsでした。


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