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「R因子（R-Value)」とは、 そのタンパク質立体構造が実測構造とどれほど合致するか？ を判断する指標です。

  ChromasPro は、アセンブリや配列編集・解析が可能なソフトです。 今回は、 ChromasPro を使ってプラスミドベクター pBR322 の制限酵素切断地図を作成してみます。 制限酵素切断地図の作成 線形のマップも作成できますが、今回は円形のマップを作成したいの...

   YASARA Tipsのネタがなくなったわけでは全くないのですが，今回は，オープンソースで無償利用可能なDataWarriorのTipsを一つ．

タンパク質立体構造解析における「分解能（Resolution）」とは、 その構造がどれほど細部まで正確に示されているか？ を判断する指標です。

 AmberToolのantechamberを用いるとGaussianの出力ファイルから、RESP電荷情報をもつmol2ファイルを生成することができます。しかし、力場パラメータのない金属等を含む場合、うまく変換できないと思います（新バージョン等で状況変わっていたらすみません）。 ...

「RCSB PDB」とは、生体高分子の立体構造の巨大データベースです。

YASARA  ver.23.12.24 から、 AutoDockGPU が利用できるようになりました。そこで、 GPU を利用した場合とそうでない場合について、計算時間を測定して比較してみました。 YASARA では、 AutoDock または AutoDock Vina ...