「remove」と「delete」，英単語の使い分けも理解していなかったのですが，
前者は，取り除く，移すという意味で，対象がどこかに存在している余地があるのに対して，後者は，destroy, obliterateを意味するラテン語 dēlēre が由来で，痕跡も残らぬように消す，といった違いがあるようです．
この違いは，YASARAのRemoveコマンドとDelコマンドにも，そのまま当てはまります．
Removeコマンドは，指定したオブジェクトをsoup（アクティブなオブジェクトに含まれる全原子から構成，ラベルや矢印は含まれない）から取り除きます．これにより，AddObjコマンドで取り除いたオブジェクトをsoupへ戻すまで，一切の操作対象から除外されます．
一方，Delコマンドは，指定したオブジェクトを完全に削除します．
例えるなら，Removeはスープを調理している鍋から材料を一旦取り出す操作で，Delは，ごみ箱へ廃棄するイメージでしょうか．
これらのコマンドは，
> RemoveObj 1
> RemoveObj 1 3-4
> RemoveAll
> AddObj All
> DelAll
> DelObj SimCell
> DelWaterAll
などとして使用します．
GUIからは，Edit > Remove または Edit > Delete から操作できます．Delコマンドの場合でも，Undoが効く範囲であれば，削除した対象を復元することができます．
実際に操作してみて，それぞれの挙動を確認してみてください．
